Caracteriza-se como entidade filantrópica e é regida por um estatuto social que abriga um corpo de associados denominado Irmandade da SCMMC. A cada dois anos esta irmandade elege uma Mesa Administrativa e designa seu presidente, o Provedor, definindo-se assim, uma estrutura gerencial que tem por incumbência a gestão de recursos humanos, materiais, tecnológicos, financeiros e administrativos.O modelo assistencial seguido pela SCMMC atende, como referência regional, as áreas ligadas à Maternidade, ou seja, Obstetrícia e Neonatologia, assim como Oftalmologia clínica e cirúrgica, Alta Complexidade em Neurologia e Neurocirurgia e nas especialidades de Ortopedia e Traumatologia. Além disso, a Instituição presta serviços de Pronto Socorro conforme contrato de convênio com a Administração Municipal.

Compromissada com a comunidade a Santa Casa de Misericórdia de Mogi das Cruzes deve ser compreendida sob três aspectos principais: como Instituição, como Empresa e como Serviços Médicos.

Os financiamentos dessa estrutura provêm de receitas obtidas de contratos de serviços médicos e hospitalares prestados principalmente ao setor público, de Planos de Saúde e Seguradoras e da contribuição dos Irmãos da Entidade e de doações de particulares.

A fundação da SCMMC ocorreu por iniciativa do vigário da cidade, padre Antônio Cândido Alvarenga reunindo representantes da comunidade mogiana em sua própria casa para criar uma sociedade cujo fim seria o de assistir os menos favorecidos. No dia 06 de julho de 1873, então, mais de 130 pessoas participaram deste encontro que culminou com a idealização do Asylo da Sociedade Mogyana de Beneficência, primeira denominação da Entidade. Eles definiram que esta sociedade praticaria a caridade cristã, especialmente aplicada à visita e curativo da pobreza enferma, nascia assim a SCMMC.

A primeira diretoria foi composta pelos seguintes membros: Presidente, Padre Antônio Cândido Alvarenga; Vice-presidente, Joaquim Augusto Ferreira Alves; Primeiro secretário, tenente coronel Joaquim Moreira da Glória; Segundo secretário, capitão José de Campos Freitas; Tesoureiro, tenente coronel Antônio Mendes da Costa; Procurador, José de Almeida Grant e, Ajudante, Capitão Tristão Augusto de Oliveira.

Os primeiros médicos foram: Dr. Paulo Malheiro de Melo, Dr. Rodrigo Gomes de Vieira de Almeida e Dr. Salvador José Corrêa Coelho.
Sua primeira sede foi no imóvel que ficava no Largo do Bom Jesus, nº1. Em julho de 1899, a sede passou a ser na rua Olegário Paiva, onde fica o prédio atual da Delegacia de Ensino de Mogi das Cruzes. Só em setembro de 1956, inaugura-se definitivamente, na rua Barão de Jaceguai, nº1148 a atual sede da Entidade.